医学论文的写作要求实事求是、实用、科学与可读性，不能随意夸大，也不能缩小。在格式上应条理性强，遵循层次清晰、内容符合逻辑，撰写医学论文，只要掌握医学论文的格式构成、撰写的基本要求，去“为之”，则“难者亦易矣”。
1、引言(前言)
是医学论文的格式的第一段短文，主要介绍本文的背景、理论依据、论文的范围目的与工作的收获、结果、意义等。可根据论文的需要或长或短。要求言简意赅，点明主题。如“我院内科1992年2月至1995年10月应用盐酸纳络酮治疗镇静催眠药急性中毒48例，与同期未用纳络酮治疗的42例对照比较，疗效满意，报告如下。”不可言过其实，尤其是诸如国内外罕见，未见报道，无先例，属最新水平之类，必须有充分证据，否则一般不用。
2、临床资料(资料与方法)
是论著的主要内容，包括实验对象、器具、采用什么方法、多少病例(男多少、女多少)、如何分组、诊断手断、依据、治疗方法(用药)、疗效标准、观察及随访时间等等。应说明资料来源的时限、年龄、性别、职业的可比性。在此需要特别提醒注意的是说明疗效或某种方法时需设对照组，条件同等、随机分组、用药或检测采用双盲法对照。共同的是使读者具体了解该研究的具体内容，一方面便于理解和评价，另方面便于验证和仿行。任何科学成果，必须能够在方法同样条件下重复出同样结果，方能得到公认。因此，描述材料和方法以使读者能进行重复为度，过分简略固然不行，过分详尽也无必要。
资料中如数字较多可用统计图表表示。统计表应有表题和序号(一个表不用序号，列为附表)。统计表应按统计学原则制作，表格两端开口，不用纵线，只用一条纵线说明主语与谓语，表格左上角不用斜线。表格内避免繁杂，更不能与正文重复。
3、结果
医学论文的中心部分。即实验研究、临床研究、分析观察、调查的各种资料和数据，进行分析、归纳，经必要的统计学处理后所得的结果。这是决定论著质量是否严谨，数据是否准确可靠，要求高度真实和准确，实事求是的撰写。失败就是失败，成功就是成功，不要人为地夸大成功率，且要消灭统计方面的误差。
4、讨论
即将所得结论或研究结果，从理论上进一步认真分析。科学的推论和评价，证实所得结果的可靠性，阐明具有科学性、先进性的论据，从而取得大家的公认。通常讨论的问题有:阐述该文研究的原理与机制;说明该文材料与方法的特点及其得失;分析该文结果与他人的异同及优缺点;根据该文结果提出新假设、新观点;对各种不同学术观点进行比较和评价;提出今后探索的方向等等。当然，一篇文章通常只讨论其中的某些方面，不可能面面俱到。重要的是，讨论必须紧紧扣住该文的研究结果，突出自己的新发现与新认识。有的医学论文讨论部分只是重复过去的文献，甚至抄袭某些专著和教科书的内容，这就失去了讨论的意义。讨论的深浅、正确与否，很大程度上取决于掌握文献的多少和分析能力。因此，必须了解本专业的近况及动向，才能比较客观的得出正确的结论。
5、医学论文的参考文献
只限于自己阅读过并引用的文献(必须是公开发行的刊物)，按文内引用顺序排列写在文后，文内按1.2.3……顺序在引用处标出右上角码，如在右上角标注[1]或[1-3]或[1,4]最好是着重引用近年的(3-5年)期刊文献。医学论文参考文献的书写格式多采用温哥华式。刊物:作者(两位作者可一并列上，中间加逗号;三位作者或以上，可只写第一作者，后加逗号及等)，文题列于作者后(有的刊物略去文题)，然后顺序列出刊物名称、年份、卷(期):起迄页。书籍:依次顺序为作者，书名，版次，出版地:出版社，年份:起页～迄页外文资料西文只用姓，不用全称，其它顺序同期刊。