从政治学看，腐败是指公职人员为实现其私利而违反公认规范的行为。其本质是以公共权力为资本，背离公共利益目标，为个人或小集团谋取物质或非物质利益。我国现时的腐败主要根源于计划经济向市场经济转型期的制度性缺陷。早在改革开放初期，邓小平同志就指出，“制度好可以使坏人无法任意横行，制度不好可以使好人无法做好事，甚至走向反面。”本文基于制度反腐败论，从分析我国现有经济制度的缺陷入手，探讨具有防治腐败的内在机制的经济管理制度设计。
形形色色的腐败尽管表现形式多种多样，但是腐败行为争夺的“猎物”都是公共权力下的“公共财物”。不论是采取货币形式，还是采取实物形式，或是性贿赂形式，最终都可以换算成公共货币资金这一单一形式，即通常所说的姓“公”的钱——— 公款。看紧、管好“公共钱袋子”要靠人，但最终要靠制度来约束、规范人的行为。设计一套完善的控制公共资金收支的经济制度，能真正达到从源头上预防和治理腐败，标本兼治的任务目标，更有效、实在地为当前推进党风廉政建设和反腐败斗争服务。
一、维持财政预算资金完整性的总体制度设计改革开放以来，随着国家简政放权的实施，我国的财力分配格局发生了深刻的变化。迄今为止的很长一段时间内，我国财政性资金实质上分割成预算内、预算外、制度外三个部分，且管理力度递减。纳入政府预算的资金只包括预算内资金，部门单位的大量资金游离于预算制度及预算外制度以外，几乎完全失去监督和控制。大量的案例统计说明，这是贪污资金的主要来源，是产生腐败的温床。
要改变这种格局，必须将这相当部分的隐性公共资金置于预算监督的“阳光”下，维持财政资金的完整性。实行统一的部门预算和单位预算管理制度，将所有的部门、单位收支都纳入财政预算管理。编制部门预算是发达国家和大多数的发展中国家加强财政资金管理通行的做法，以使公共资金收支全部处于财政监控之下。部门预算由部门组织编制，凡直接与本级财政发生经费领拨关系的一级预算部门都作为预算编制主体。一个部门一本预算，即各部门的所有收支编制在一本预算中，全面反映该部门一个预算年度内的收支情况。收入预算的编制，不仅包括预算内资金，还包括预算外资金和各种制度外资金。支出预算的编制，则要细化到具体项目，即所有的支出都要有明确具体的安排项目。
二、对“小金库”逐步以制度规范，直到完全取缔部门、单位“小金库”的泛滥成灾是与财政包干体制下鼓励单位创收制度密不可分的。在这种制度下，各单位巧立名目，多方“创收”。结果导致“三乱”屡禁不止，众多的“小财政”、“小金库”成了贪污腐败的掩体。目前的“窝案”、“窜案”增加，集体私分“小金库”是主要形式。
取消“小金库”，杜绝帐外设帐，必须建立会计核算中心制度，逐步向政府单一账户制迈进。会计核算中心从根本上铲除了“小金库”的生存土壤，从硬件上确保“收支两条线”，从而彻底割断“小金库”与腐败的因果链。在原有的小金库资金的使用调配权不变的基础上，将其与部门的其他资金一起全部纳入核算中心管理。各部门的财政收支活动都要通过中心核算，所有的资金都在一个统一的账户里进出。同时取消各部门单位的银行账户，财务进“笼子”，由中心统一调度。实施这一制度，要实现五个统一。
一是统一发放职工工资。采取编制办核实人员，人事核准工资，财政核发经费，中心统一发放。二是统一结算会议费、业务招待费等管理费用支出。各项支出，严格控制，从严审批，中心统一拨付。三是统一采购办公设备、工程维修项目等。先由部门申请采购项目，经审批后中心编制采购预算表，交由政府采购中心统一采购。四是统一各项事业收费。由中心设立收费代收机构，行使收费权，资金直接上交中心统一账户。五是统一实施会计委派。在财务自主权不变的前提下，一律取消各部门单位的会计岗位，由核算中心集中管理，统一开户，分户核算。统一的会计核算中心制度，创造了一个制约腐败的客观环境，减少了腐败发生的机率。
三、对截留、挪用国家专项资金的治理对策长期以来，我国采取的是资金逐级拨付制度。分级拨款造成拨款环节过多，监督不力，截留、挤占、挪用财政资金的问题非常严重。“雁过拔毛”就是资金拨付中权力腐败的真实写照。水利款、扶贫款、救灾款、移民资金等专项资金成为众多腐败者侵吞的对象，在该领域中大案要案屡见不鲜，防止这类腐败要从根本上制度创新，实行国库集中支付制度。
国库集中支付制度是市场经济国家的普遍做法，它是在不改变各预算单位资金使用权的情况下，改变预算资金的支付方式，由财政部门通过国库将预算资金直接支付给商品供应商和劳务提供者，实行预算分配到资金拨付、使用，银行清算，直到商品和劳务提供者帐户的全过程直接控制。所有的财政收入都要进入国库单一帐户，所有的最终付款都必须从国库单一帐户或地区分帐户中支付。国库单一帐户设立在中央银行，将全部财政资金存入该帐户统一管理。财政部在国库司下设立一个 “支付中心”，具体操作各项支付业务。预算单位在商业银行只有一个零余额帐户，它与单一帐户是连在一起的，没有资金，只起一个支付的作用。国库集中支付制度的实施，确保了我国专项资金拨付的安全，使截留、挪用成为“不可能”。