一、高等教育行政管理体制改革存在的问题
通过介绍我国高等教育行政管理体制改革的现状，可以总结出其中存在的问题。
(一)改革政策的指导性有待加强
我国现行的高等教育行政管理体制改革基本政策有：转变政府职能、扩大高校自主权，政府宏观调整、地方自主办学等等，但这些政策过于笼统，表述不够具体，导致实际中高校办学自主权落实情况不理想，政府的许多职能尚未完全适应从计划经济向市场经济的转变，一些高等教育事务存在该管没有管、管不了的事情还在管，许多可以放权、应该放权的地方还未放等问题。例如，高校招生方面，教育行政部门设置了高校招生的总体规模，以及高校招生的具体人数，即使在一些试点的自主招生高校，自主招生的人数也仅有计划的5%，权力很有限。所以，高等教育的办学自主权有待扩大，针对高等教育行政管理体制的可操作性的法规亟待制定。再如，即使我国颁布并实施了《高等学校境外办学暂行管理办法》、《中华人民共和国中外合作办学条例》和《中华人民共和国中外合作办学条例实施办法》，但都是一些原则性的规定，在具体的实施中却有一定的难度。
(二)高等教育不公平问题
由于政策价值观的缺失，导致公平与效率问题没有解决好，呈现出高等教育不公平的教育现实。计划经济条件下，虽然我国高等教育资源配置主要集中在几个地区，不够平衡，但尚未在很大程度上影响教育公平，因为当时各省之间的教育资源都是共享的。以地方为主的教育行政管理体制实施后，虽然有利于地方高等教育的统筹与管理，但也带来了一系列教育不公平问题。首先，高等教育资源利用不充分、不合理，呈现出高等教育资源相对不足与相对过剩并存的局面。高等教育行政以省为主的管理体制，其实就是块块(各地方)为主，导致省际高等教育资源不能共享，某种程度上造成了高等教育资源的浪费，高等教育的不公平就随之产生。其次，中央下放大学的出路陷入困境。一些部属院校下放地方以后，在全国的影响和优势逐渐降低，教育部对这些下放大学的关怀不再，逐渐就会被边缘化。
(三)未建立与市场经济配套的高等教育行政管理体制
我国是刚刚转型的市场经济国家，高等教育管理体制脱胎于传统的中央集权式管理，在运用市场进行调节我国的高等教育时，还存在许多问题和挑战。例如，市场需求是变动的，这就难以保证高等教育的稳定发展，导致高等教育资源的配置方式需要市场机制和国家行政调节相结合。市场解决不了的高等教育结构调整，那么政府就应该进行调节，如高等教育的种类、层次、专业、地区等;还有贫困子女上学难的问题，一些高校、教育机构乱办班、乱收费、滥发毕业证问题等等，这些都必须由国家和政府通过法规制度等形式加以解决。但目前我国高等教育法规滞后，与市场经济配套的高等教育行政管理体制尚未健全，导致了我国高等教育市场化进程缓慢。
二、深化我国高等教育行政管理体制改革的对策
(一)加强和完善高等教育立法
高等教育立法就是指国家权力机关依照法律程序制定有关高等教育法律法规的活动，高等教育法律法规是国家法律体系的重要组成部分。加强和完善高等教育立法，有利于规范法规的价值取向，提高高等教育行政管理体制改革政策的指导性。
1、明确高等教育各关系主体的权力和义务
高等教育系统内部包括高等教育行政管理者、教育机构、高等教育机构举办者、教育者和受教育者，在高等教育立法中应对以上五种不同主体的权利、义务和活动方式等进行明确规范，清晰地划分中央政府与地方政府在实施高等教育管理中的职权范围和责任。为了体现科学、民主和社会参与的原则，中央和地方两级政府及其教育行政管理部门应设立高等教育评估及审议的监督机构，在高等教育机构的经费分配、招生和毕业生就业等方面发挥中介作用。
2、注重高等教育法规的实效
高等教育法规制定过程中，具体内容的确定是关键的一步，但内容构建完成并不意味着高等教育法规体系已经建立。高等教育法规能否发挥实效，还受到外界很多因素的制约，例如执行者的认识与态度、执行力度等。所以，在高等教育法规制定的过程中，应注重高等教育法规的实效性问题，既要确保高等教育法规内容的完善，还要制定与之对应的高等教育法规执行与监督的制度、规范，形成监督体系;还要强化非制度化的法律监督形式，例如社会舆论、监督、举报等，使外在的强制与内在的要求结合起来，即短时效用与长时效用结合起来，才能确保高等教育法规的顺利执行。
(二)建立高等教育行政协调机制
1、协调好学生和学校、就业市场之间的关系
学生接受高等教育以后，要走向社会、寻找合适单位就业。所以，学生和学校、就业市场之间的关系，也需要政府进行外部协调。政府可以科学利用投资导向、补偿机制、政策法规的约束来解决效率与公平的矛盾。第一，建立有效补偿机制，促进高等教育公平。政府可以针对经济特困生建立经济补偿机制，解决大学生在求学期间的经济困难。目前，我国很多地方都实行了国家助学贷款和商业助学贷款制度，但是由于个人信用制度不完善，银行放贷的积极性不高。为此，政府可以考虑在社会信用制度、社会保障制度完善以后，建立与个人收入挂钩的贷款制度，将银行的管理职能由收贷合一改为收贷分离，由社会保障或税收机关代为回收商业银行的贷款，以降低拖欠率。第二，建立对民办高校的资助制度。近年来，民办高校越来越多，民办高等教育的作用日益凸显，对国家和社会作出了较大贡献。但是，民办高校的教育成本相对较高，学生的负担较重。按照市场经济“谁受益、谁付费”的原则，政府作为民办高等教育的受益者，也应承担对民办教育的投资义务。
2、合理配置高等教育资源，协调好高等教育与社会的关系
高等学校由于制度、组织的缺陷以及外部环境的影响，不能对教育资源进行有效配置，导致管理效率低下。所以，政府应发挥其宏观调控的优势，对高等教育资源进行合理配置。首先，要协调好高等教育发展的学校布局。政府宏观调控从总体和全局的高度规定并调整高等教育的学校布局，可以在较大程度上避免因高等教育供给不足而产生的高等教育需求不能满足的矛盾。政府可以协调高等教育的专业布局、学科设置，使高等教育的专业发展走向协调发展的健康轨道，关注那些意义深远的高等教育学科设置，重点资助和扶持弱势学科。其次，建立高校交流和信息服务的平台。对许多高校尤其是非重点高校来说，参加全国性高等教育教学改革交流、协作的机会比较少，而这些高校却迫切需要交流、协作和提高，针对此矛盾，政府可以组织开展区域高校协作，共享教育资源;对有条件的大学，政府应引导他们积极开展对外交流与合作，加强我国高等教育的对外宣传，提高我国高等教育的国际化程度。
3、协调地方高等教育资源配置
高等教育是一种稀缺性的资源，要使这种稀缺资源的供给满足最多人的需求，就需要考虑资源受益群体、资源供给地域等多方面的因素，优化资源配置方式，实现资源配置的有效性。我国目前高等教育资源配置尚存在一些问题，例如地方高校数量与学生人数不成正比，一些地方考生即使考分很高也会落榜;有些地方除了教育部直属高校外，地方举办的高校过少，不能满足社会对高等教育的需求;有些地方的高校原本办学质量较好，但下放地方以后由于受地方经济、环境的影响，办学质量和声誉不断下降。这些问题的存在，要求政府对高等教育资源进行优化和配置，实现高等教育资源的共享和利用。
(三)构建高等教育行政激励机制
良好的激励机制可以对激励客体的某种符合激励主体希望的行为进行不断强化，保证激励主体目标的实现。在高等教育行政管理体制改革中，激励机制同样是不可缺少的，激励机制可以对高等教育行政管理体制改革起到推动作用，从而提高高等教育行政效率。政府是我国高等教育行政管理体制改革中的激励主体，应重视建立和完善高等教育行政管理体制改革的激励机制，并使其发挥作用，全面推动高等教育的发展。
1、建立经济激励机制
我国对高等教育事业的激励更多的是强调精神激励，忽视了高等教育的物质需求，经济支持乏力。我国政府的激励行为必须转到提高政府为高等教育事业服务的质量上来，按照教学水平和科研能力把高等教育分类，对不同高校给予不同的经济支持，并为高等教育融资创造机会与条件。
(1)建立高校经费竞争激励机制
高等教育经费是由政府提供的，供高校自身发展和建设用，具有专属性、不可挪用性等特点。政府对高等教育提供经济支持的目的，是弥补高等教育作为一种准公共物品的市场失灵。但政府对高校的经费拨款长久以来管得过死，缺乏变通。政府提供的高等教育经费并不能满足高教事业发展的需要，这和政府高等教育拨款方式缺乏良好的激励机制也有关。在市场经济体制下，只有利用政府经济行为为高等教育提供一定经济支持，并把高等教育经费的获得推向市场，利用市场竞争激励机制优化高等教育经费拨款，才能满足高校对经费的需求。
(2)建立高校分层拨款机制
政府对高等教育分配制度是否公平，直接关乎政府对高校经费的分配公平与否，会影响从事高等教育事业人员的工作积极性。因此政府对高校的经费要进行调控，对高校进行分层，对高水平大学应提高拨款额度，对没有科研能力和教育水平低下的高校，政府要利用经济杠杆激励他们提高科研能力和教学水平。
2、建立管理激励机制
政府适当放权，赋予高校更多的办学自主权，不仅是尊重高校的体现，能激发高校的发展潜力，而且对优化政府决策、提高政府行政效率有很大益处。
(1)加强高等教育中介组织建设
政府对高等教育的管理权应逐步交还高校或让渡给中介组织，实现政府部分权力的转移。由高校自己管理自己或由中介组织对高校的发展建设进行咨询，形成高校自我激励机制。我国目前正处于高等教育行政管理体制转轨时期，尽管高等教育行政管理体制已经建立，但还很不完善，例如教育法规不全、监督体系不全等。所以，高等教育行政机制的运行会受到阻碍，效果不够理想。通过高等教育中介组织来管理高等教育事业，既可以给政府重新定位，也可以满足高校自主管理的需求，提高高校的发展积极性。
(2)加强政府教育信息平台的建设
教育和经济的联系日益紧密，高等学校必须根据社会经济发展的要求及时调整结构，改进教学内容与方法。高等学校应实行开放办学，而不是封闭办学。因此，只有在掌握大量、准确、丰富的资料和信息的基础上才能做出正确决策。资料和信息的收集与整理仅仅依靠高校自身力量是很难达到预期效果的，需要高等教育行政管理部门及时地利用教育信息平台提供相关的咨询和信息服务。随着教育改革进程的加快，对各地改革的经验与教训应及时总结并加以借鉴，这些都需要政府教育管理部门把相关信息及时输送给学校，供进一步改革时参考。